A grama missioneira-gigante é uma forrageira estratégica para sistemas de produção leiteira e de corte à base de pasto, especialmente em sistemas silvipastoris. A identificação genética dos acessos mantidos pela Epagri é uma estratégia crucial para que os pesquisadores possam trabalhar de forma clara e eficaz nas características que desejam aprimorar dentro do melhoramento genético. O objetivo deste estudo foi investigar o uso de marcadores SSR de outras espécies nos acessos de missioneira-gigante da Epagri. O DNA das 26 amostras (progenitores, materiais triplóides, e hexaplóides) foi extraído e diluído a 20 ng para preparo das amostras de trabalho. Foram otimizados inicialmente 16 marcadores SSR, sendo oito desenvolvidos para a espécie Axonopus compressus e oito para o gênero Stenotaphrum. Os testes de amplificação foram avaliados inicialmente por eletroforese convencional em gel de agarose, usando a presença de fragmentos consistentes como critério de avaliação para a caracterização genética das amostras. Todos os oligonucleotídeos frontais foram sintetizados com a cauda M13 (18) para permitir a genotipagem automática com corantes fluorescentes. Com base nesses resultados, iniciaram-se as avaliações das condições em eletroforese capilar em analisador genético. Até o momento, dos 16 marcadores SSR testados, apenas um foi descartado devido à presença de muitos fragmentos inespecíficos. Os produtos de amplificação dos outros marcadores mostraram consistência; no entanto, a maioria dos fragmentos obtidos estava fora da faixa esperada. Isso pode ser explicado pelo fato de os SSR utilizados terem sido desenvolvidos para outra espécie do gênero Axonopus e para o gênero Stenotaphrum. A conservação de sítios que flanqueiam os microssatélites entre espécies relacionadas permite a transferência desses marcadores entre espécies do mesmo gênero ou gêneros diferentes. A confirmação da transferência dos marcadores será melhor avaliada posteriormente, com a realização de otimizações de PCR/SSR com os marcadores restantes.