A missioneira-gigante (Axonopus catharinensis Valls) é um recurso genético forrageiro resultante do cruzamento entre a grama jesuíta (A. jesuiticus) e o gramão (A. scoparius). Esta gramínea é altamente valorizada por agricultores e pecuaristas devido à sua excelente aceitação por ruminantes, alta produção de forragem, tolerância ao frio, adaptação a solos ácidos, resistência à cigarrinha-das-pastagens e tolerância ao sombreamento. O uso de ferramentas moleculares, como marcadores SSR, é fundamental para caracterizar diferentes acessos da espécie, incluindo hexaploides, triploides e as espécies Axonopus catharinensis, A. jesuiticus e A. scoparius, auxiliando assim programas de melhoramento genético dessas forrageiras. Este trabalho tem como objetivo otimizar o uso de marcadores SSR nos acessos de missioneira-gigante da Epagri. O DNA das 26 amostras, incluindo progenitores e materiais tetraplóides e hexaplóides de missioneira-gigante, foi extraído e após a aferição da concentração, o DNA foi diluído a 20 ng para preparar as amostras de trabalho. Dos 60 marcadores SSR propostos, 16 foram otimizados até o momento. A amplificação inicial foi avaliada por eletroforese convencional em gel de agarose, utilizando critérios de presença de fragmentos consistentes para a caracterização genética. Todos os oligonucleotídeos frontais foram sintetizados com a cauda M13 (18) para permitir a genotipagem automática com corantes fluorescentes. A partir desses resultados, foram iniciadas as avaliações em eletroforese capilar em analisador genético. Dos 16 marcadores SSR testados, apenas um foi descartado devido à presença de fragmentos inespecíficos. Os produtos de amplificação dos demais marcadores mostraram consistência e serão utilizados para a caracterização genética dos acessos de missioneira-gigante da Epagri.